./sbin/services.sh restart и есть Restast Managament Agents. После этого ничего упасть не должно, пути от FC не отвалятся (если они живые), на работающие вм тоже не повлиет. Сам делал ни раз, всё гладко проходило.
Зачем Вам 2 vmk c Managenent Network? Избавьтесь о одного и Restart management agents потом. Так же можете попробовать подключиться к vmk2, который NAS NFS, может получится. Ещё Test Management Network попробуйте.