Hola Akumal,
Soy un conocido defensor del iSCSI 
sin dudar el FC es más confiable en todo sentido pero el iSCSI creo que ha demostrado ser una digna tecnología.
El tema que comentás es más simple de lo que planteás, todo depende sobre que interfaces presentás la lun a los SP, de forma que en tu esxi vas a poder diferenciar perfectamente sobre que tecnología está trabajando cada LUN presentada.
De más está decir que lo imporante es según la cabina que compres, que trates de seguir las best practices que define su fabricante a la hora de definir la configuración del multipathing.
Danos mas datos sobre tu config y todos los miembros de la comunidad van a tratar de ser más precisos en el consejo.
Slds
Diego Quintana